Hua, F., M. G. Cornejo, M. H. Cardone, C. L. Stokes, and D. A. Lauffenburger. 2005. Effects of Bcl-2 levels on Fas signaling-induced caspase-3 activation: molecular genetic tests of computational model predictions. J. Immunol. 175: 985–995 .

In Table I, in the Reactant B column, Bax should be tBid:Bax_2 for both Cyto.c and Smac in the Reactant Aa column. The nongeneral reaction shown in the Comment column for Cyto.c (tBid:Bax_2) applies to both this and the Smac (tBid:Bax_2) reactions. The corrected table is shown below.

In Table II, the unit for k10 should be s−1nM−1, instead of s−1. The corrected table is shown below.

Table II.

Reaction rate constants

Rate ConstantValueReference
k1_f 9.09E-05 nM−1s−1 Kd = k1_r/k1_f = 1.1 nM from (39) 
k1_r 1.00E-04 s−1  
k2_f 5.00E-04 nM−1s−1  
k2_r 0.2 s−1  
k3_f 3.50E-03 nM−1s−1  
k3_r 0.018 s−1  
k4 0.3 s−1  
k5 0.1 s−1  
k6_f 1.00E-05 nM−1s−1  
k6_r 0.06 s−1  
k7 0.1 s−1  
k8_f 5.00E-03 nM−1s−1  
k8_r 0.005 s−1  
k9_f 2.00E-04 nM−1s−1  
k9_r 0.02 s−1  
k10 1e-3 s−1nM−1  
k11_f 7.00E-03 nM−1s−1 kon = k11_f = 7e6/(M s) and koff = k11_r = 2.21e-3/s from (40) 
k11_r 2.21E-03 s−1  
k12_f 2.78e-7 nM−1 s−1nM−1  
k12_r 5.70E-03 s−1  
k13_f 2.84E-04 nM−1s−1  
k13_r 0.07493 s−1  
k14_f 4.41E-04 nM−1s−1  
k14_r 0.1 s−1  
k15 0.7 s−1  
k16_f 1.96E-05 nM−1s−1 Km = (k16_r+ k17)/k16_f = 248 μM from (41) 
k16_r 0.05707 s−1  
k17 4.8 s−1 kcat = k17 = 4.8/s from (41) 
k18_f 1.06E-04 nM−1s−1 Ki = k18_r/k18_f = 9.4e-9 M from (42) 
k18_r 1.00E-03 s−1  
k19_f 2.47E-03 nM−1s−1 kon = k19_f = 2.5e6/(M s) and koff = k19_r = 2.4e-3/s from (43) 
k19_r 2.40E-03 s−1  
k20_f 2.00E-03 nM−1s−1 Kd = k20_r/k20_f = 1e-8 M from (44) 
k20_r 0.02 s−1  
Rate ConstantValueReference
k1_f 9.09E-05 nM−1s−1 Kd = k1_r/k1_f = 1.1 nM from (39) 
k1_r 1.00E-04 s−1  
k2_f 5.00E-04 nM−1s−1  
k2_r 0.2 s−1  
k3_f 3.50E-03 nM−1s−1  
k3_r 0.018 s−1  
k4 0.3 s−1  
k5 0.1 s−1  
k6_f 1.00E-05 nM−1s−1  
k6_r 0.06 s−1  
k7 0.1 s−1  
k8_f 5.00E-03 nM−1s−1  
k8_r 0.005 s−1  
k9_f 2.00E-04 nM−1s−1  
k9_r 0.02 s−1  
k10 1e-3 s−1nM−1  
k11_f 7.00E-03 nM−1s−1 kon = k11_f = 7e6/(M s) and koff = k11_r = 2.21e-3/s from (40) 
k11_r 2.21E-03 s−1  
k12_f 2.78e-7 nM−1 s−1nM−1  
k12_r 5.70E-03 s−1  
k13_f 2.84E-04 nM−1s−1  
k13_r 0.07493 s−1  
k14_f 4.41E-04 nM−1s−1  
k14_r 0.1 s−1  
k15 0.7 s−1  
k16_f 1.96E-05 nM−1s−1 Km = (k16_r+ k17)/k16_f = 248 μM from (41) 
k16_r 0.05707 s−1  
k17 4.8 s−1 kcat = k17 = 4.8/s from (41) 
k18_f 1.06E-04 nM−1s−1 Ki = k18_r/k18_f = 9.4e-9 M from (42) 
k18_r 1.00E-03 s−1  
k19_f 2.47E-03 nM−1s−1 kon = k19_f = 2.5e6/(M s) and koff = k19_r = 2.4e-3/s from (43) 
k19_r 2.40E-03 s−1  
k20_f 2.00E-03 nM−1s−1 Kd = k20_r/k20_f = 1e-8 M from (44) 
k20_r 0.02 s−1  

In Table III, the unit for ATP should be 10,000 nM. The corrected table is shown below.

Table III.

Initial conditions

ParameterValue (nM)Reference
Fas 10.00  
FasL 2.00 Equivalent to 100 ng/ml FasL 
FADD 16.67 Unpublished observations 
Flip 81.00  
Casp8 33.33 (45) 
Casp3 200.00 (45) 
Bid 25.00  
Bcl2 75.00  
Bax 83.33  
Cytoc 100.00  
Smac 100.00  
XIAP 30.00 (45) 
Casp9 20.00 (41) 
ATP 10,000.00  
Apaf 100.00  
ParameterValue (nM)Reference
Fas 10.00  
FasL 2.00 Equivalent to 100 ng/ml FasL 
FADD 16.67 Unpublished observations 
Flip 81.00  
Casp8 33.33 (45) 
Casp3 200.00 (45) 
Bid 25.00  
Bcl2 75.00  
Bax 83.33  
Cytoc 100.00  
Smac 100.00  
XIAP 30.00 (45) 
Casp9 20.00 (41) 
ATP 10,000.00  
Apaf 100.00  
Table I.

Biochemical reactions

Reactant AaReactant BReactant CForward Reaction RateReverse Reaction RateComment
FasL Fas FasC k1_f k1_r  
FasC FADD FasC:FADD k2_f k2_r Assume noncooperative binding between FADD and Fas, which means that regardless of other molecules in the complex, the FADD-Fas interaction always has the same rate constant. 
FasC:FADD FADD FasC:FADD_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2 FADD FasC:FADD_3 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FADD FasC:FADD_3:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP FADD FasC:FADD_3:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8_2 FADD FasC:FADD_3:Casp8_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8:FLIP FADD FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP_2 FADD FasC:FADD_3:FLIP_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD:Casp8 FADD FasC:FADD_2:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD:FLIP FADD FasC:FADD_2:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_3 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8 k3_f k3_r Assume caspase-8 and FLIP have the same binding rate constants for FADD, because their death effector domains (FADD binding domain) have high homology (38). 
FasC:FADD_3 FLIP FasC:FADD_3:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k3_f k3_r Similar to binding between FADD and Fas, assume noncooperative binding between FADD and caspase-8 and between FADD and FLIP. 
FasC:FADD_3:FLIP FLIP FasC:FADD_3:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP FLIP FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD3:FLIP_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP_2 FLIP FasC:FADD_3:FLIP_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 FLIP FasC:FADD_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FLIP FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP Casp8 FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP FLIP FasC:FADD_2:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD Casp8 FasC:FADD:Casp8 k3_f k3_r 
FasC:FADD FLIP FasC:FADD:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8_2_p41 FasC:FADD-2:Casp8_2  k4  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_3  k4  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2:FLIP  k4  
FasC:FADD_3 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2  k4  
Casp8_2_p41  Casp8_2* k5  Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kfA{\ast}\]
 
Casp8_2* Casp3 Casp8_2*:Casp3 k6_f k6_r  
Casp8_2* Casp3* Casp8_2*:Casp3  k7 Assume the catalytic reaction rate of caspase_8 is the same regardless of the substrate. 
Casp8_2* tBid Cas8_2*:Bid  k7  
Casp8_2* Bid Cas8_2*:Bid k8_f k8_r  
tBid Bax tBid:Bax k9_f k9_r Assume the first Bax and the second Bax binding to tBid have the same rate constants. 
tBid:Bax Bax tBid:Bax_2 k9_f k9_r  
Smac tBid:Bax_2 Smac* k10  Assume Smac and Cyto.c have the same release rate and nongeneral reaction. 
Cyto.c tBid:Bax_2 Cyto.ck10  
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Smac* XIAP Smac*:XIAP k11_f k11_r Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Cyto.cApaf Cyto.c*:Apaf:ATP k12_f k12_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 k13_f k13_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2 k14_f k14_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9* Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2  k15  
Casp9* Casp3 Casp9*:Casp3 k16_f k16_r  
     (Table continues
Reactant AaReactant BReactant CForward Reaction RateReverse Reaction RateComment
FasL Fas FasC k1_f k1_r  
FasC FADD FasC:FADD k2_f k2_r Assume noncooperative binding between FADD and Fas, which means that regardless of other molecules in the complex, the FADD-Fas interaction always has the same rate constant. 
FasC:FADD FADD FasC:FADD_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2 FADD FasC:FADD_3 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FADD FasC:FADD_3:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP FADD FasC:FADD_3:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8_2 FADD FasC:FADD_3:Casp8_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8:FLIP FADD FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP_2 FADD FasC:FADD_3:FLIP_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD:Casp8 FADD FasC:FADD_2:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD:FLIP FADD FasC:FADD_2:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_3 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8 k3_f k3_r Assume caspase-8 and FLIP have the same binding rate constants for FADD, because their death effector domains (FADD binding domain) have high homology (38). 
FasC:FADD_3 FLIP FasC:FADD_3:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k3_f k3_r Similar to binding between FADD and Fas, assume noncooperative binding between FADD and caspase-8 and between FADD and FLIP. 
FasC:FADD_3:FLIP FLIP FasC:FADD_3:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP FLIP FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD3:FLIP_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP_2 FLIP FasC:FADD_3:FLIP_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 FLIP FasC:FADD_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FLIP FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP Casp8 FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP FLIP FasC:FADD_2:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD Casp8 FasC:FADD:Casp8 k3_f k3_r 
FasC:FADD FLIP FasC:FADD:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8_2_p41 FasC:FADD-2:Casp8_2  k4  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_3  k4  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2:FLIP  k4  
FasC:FADD_3 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2  k4  
Casp8_2_p41  Casp8_2* k5  Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kfA{\ast}\]
 
Casp8_2* Casp3 Casp8_2*:Casp3 k6_f k6_r  
Casp8_2* Casp3* Casp8_2*:Casp3  k7 Assume the catalytic reaction rate of caspase_8 is the same regardless of the substrate. 
Casp8_2* tBid Cas8_2*:Bid  k7  
Casp8_2* Bid Cas8_2*:Bid k8_f k8_r  
tBid Bax tBid:Bax k9_f k9_r Assume the first Bax and the second Bax binding to tBid have the same rate constants. 
tBid:Bax Bax tBid:Bax_2 k9_f k9_r  
Smac tBid:Bax_2 Smac* k10  Assume Smac and Cyto.c have the same release rate and nongeneral reaction. 
Cyto.c tBid:Bax_2 Cyto.ck10  
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Smac* XIAP Smac*:XIAP k11_f k11_r Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Cyto.cApaf Cyto.c*:Apaf:ATP k12_f k12_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 k13_f k13_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2 k14_f k14_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9* Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2  k15  
Casp9* Casp3 Casp9*:Casp3 k16_f k16_r  
     (Table continues
Table IA.

Continued

Reactant AaReactant BReactant CForward Reaction RateReverse Reaction RateComment
Casp9* Casp3* Casp9*:Casp3  k17  
Casp9 XIAP Casp9:XIAP k18_f k18_r  
Casp3* XIAP Casp3*:XIAP k19_f k19_r  
Equations used for different models      
 Bcl_2 binding to Bax alone      
 Bcl_2 Bax Bcl2:Bax k20_f k20_r  
 Bcl_2 binding to Bid alone      
 Bcl_2 Bid Bcl2:Bid k20_f k20_r  
 Bcl_2 binding to tBid alone      
 Bcl_2 tBid Bcl2:tBid k20_f k20_r  
 Bcl_2 binding to both tBid and Bax      
 Bcl_2 Bax Bcl2:Bax k20_f k20_r  
 Bcl_2 tBid Bcl2:tBid k20_f k20_r  
Reactant AaReactant BReactant CForward Reaction RateReverse Reaction RateComment
Casp9* Casp3* Casp9*:Casp3  k17  
Casp9 XIAP Casp9:XIAP k18_f k18_r  
Casp3* XIAP Casp3*:XIAP k19_f k19_r  
Equations used for different models      
 Bcl_2 binding to Bax alone      
 Bcl_2 Bax Bcl2:Bax k20_f k20_r  
 Bcl_2 binding to Bid alone      
 Bcl_2 Bid Bcl2:Bid k20_f k20_r  
 Bcl_2 binding to tBid alone      
 Bcl_2 tBid Bcl2:tBid k20_f k20_r  
 Bcl_2 binding to both tBid and Bax      
 Bcl_2 Bax Bcl2:Bax k20_f k20_r  
 Bcl_2 tBid Bcl2:tBid k20_f k20_r  
a
General reaction:
\[A\ {+}\ B\ {\rightleftarrows}k_{f}k_{r}C\]