Skip to Main Content
Table II.

Interactions between H-2Kk residues and the octa/nonapeptides

Main Chain InteractionsSide-Chain Interactions
OctapeptideH-2KkNonapeptideH-2KkOctapeptideH-2KkNonapeptideH-2Kk
FEANGNLISEFLLGKRI
ResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtom
PheP1 Tyr7 OH SerP1 Tyr7 OH     SerP1 OG Trp167 NE1 
 Tyr171 OH   Tyr171 OH GluP2 OE1 His9 NE2 GluP2 OE1 Ser24 OG 
 Tyr159 OH  Tyr159 OH   Tyr99 OH   Tyr45 OH 
GluP2 Asn63 OD1 GluP2 Asn63 OD1  OE2 Ser24 OG  OE2 Tyr99 OH 
AlaP3 Tyr99 OH PheP3 Arg97a NH1   Tyr45 OH   His9 NE2 
 Asn70 ND2      OE1 Asn70a ND2     
 Arg97 NH1     AsnP4 OD1 Ile66a     
AsnP4 Arg97 NH2     AsnP6 ND2 Asp156 OD2 LysP7 NZ Glu114 OE1 
 Asp156b OD1     (A) ND1 Glu114b OE1   Tyr116 OH 
GlyP5 Asn70 OD1 LeuP5 Asn70 OD1  ND2 Tyr116b OH     
AsnP6 Tyr116 OH      OD1 Asp156c OD1     
 Asn77 ND2     AsnP6  Asp152 OD1     
LeuP7 Trp147 NE1 ArgP8 Trp147 NE1 (B)   OD2     
IleP8 Asn77 OD1 IleP9 Asn77 OD1         
 OXT Tyr84 OH  OXT Tyr84 OH         
 OXT Thr143 OG1   Thr143 OH         
Main Chain InteractionsSide-Chain Interactions
OctapeptideH-2KkNonapeptideH-2KkOctapeptideH-2KkNonapeptideH-2Kk
FEANGNLISEFLLGKRI
ResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtomResidueAtom
PheP1 Tyr7 OH SerP1 Tyr7 OH     SerP1 OG Trp167 NE1 
 Tyr171 OH   Tyr171 OH GluP2 OE1 His9 NE2 GluP2 OE1 Ser24 OG 
 Tyr159 OH  Tyr159 OH   Tyr99 OH   Tyr45 OH 
GluP2 Asn63 OD1 GluP2 Asn63 OD1  OE2 Ser24 OG  OE2 Tyr99 OH 
AlaP3 Tyr99 OH PheP3 Arg97a NH1   Tyr45 OH   His9 NE2 
 Asn70 ND2      OE1 Asn70a ND2     
 Arg97 NH1     AsnP4 OD1 Ile66a     
AsnP4 Arg97 NH2     AsnP6 ND2 Asp156 OD2 LysP7 NZ Glu114 OE1 
 Asp156b OD1     (A) ND1 Glu114b OE1   Tyr116 OH 
GlyP5 Asn70 OD1 LeuP5 Asn70 OD1  ND2 Tyr116b OH     
AsnP6 Tyr116 OH      OD1 Asp156c OD1     
 Asn77 ND2     AsnP6  Asp152 OD1     
LeuP7 Trp147 NE1 ArgP8 Trp147 NE1 (B)   OD2     
IleP8 Asn77 OD1 IleP9 Asn77 OD1         
 OXT Tyr84 OH  OXT Tyr84 OH         
 OXT Thr143 OG1   Thr143 OH         
a

Indirect interaction.

b

Water-mediated interaction involving the same water molecule (Asp156).

c

Indirect interactions involving the same water molecule.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal