Skip to Main Content
Table I.

Biochemical reactions

Reactant AaReactant BReactant CForward Reaction RateReverse Reaction RateComment
FasL Fas FasC k1_f k1_r  
FasC FADD FasC:FADD k2_f k2_r Assume noncooperative binding between FADD and Fas, which means that regardless of other molecules in the complex, the FADD-Fas interaction always has the same rate constant. 
FasC:FADD FADD FasC:FADD_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2 FADD FasC:FADD_3 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FADD FasC:FADD_3:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP FADD FasC:FADD_3:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8_2 FADD FasC:FADD_3:Casp8_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8:FLIP FADD FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP_2 FADD FasC:FADD_3:FLIP_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD:Casp8 FADD FasC:FADD_2:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD:FLIP FADD FasC:FADD_2:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_3 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8 k3_f k3_r Assume caspase-8 and FLIP have the same binding rate constants for FADD, because their death effector domains (FADD binding domain) have high homology (38). 
FasC:FADD_3 FLIP FasC:FADD_3:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k3_f k3_r Similar to binding between FADD and Fas, assume noncooperative binding between FADD and caspase-8 and between FADD and FLIP. 
FasC:FADD_3:FLIP FLIP FasC:FADD_3:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP FLIP FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD3:FLIP_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP_2 FLIP FasC:FADD_3:FLIP_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 FLIP FasC:FADD_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FLIP FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP Casp8 FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP FLIP FasC:FADD_2:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD Casp8 FasC:FADD:Casp8 k3_f k3_r 
FasC:FADD FLIP FasC:FADD:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8_2_p41 FasC:FADD-2:Casp8_2  k4  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_3  k4  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2:FLIP  k4  
FasC:FADD_3 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2  k4  
Casp8_2_p41  Casp8_2* k5  Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kfA{\ast}\]
 
Casp8_2* Casp3 Casp8_2*:Casp3 k6_f k6_r  
Casp8_2* Casp3* Casp8_2*:Casp3  k7 Assume the catalytic reaction rate of caspase_8 is the same regardless of the substrate. 
Casp8_2* tBid Cas8_2*:Bid  k7  
Casp8_2* Bid Cas8_2*:Bid k8_f k8_r  
tBid Bax tBid:Bax k9_f k9_r Assume the first Bax and the second Bax binding to tBid have the same rate constants. 
tBid:Bax Bax tBid:Bax_2 k9_f k9_r  
Smac tBid:Bax_2 Smac* k10  Assume Smac and Cyto.c have the same release rate and nongeneral reaction. 
Cyto.c tBid:Bax_2 Cyto.ck10  
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Smac* XIAP Smac*:XIAP k11_f k11_r Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Cyto.cApaf Cyto.c*:Apaf:ATP k12_f k12_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 k13_f k13_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2 k14_f k14_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9* Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2  k15  
Casp9* Casp3 Casp9*:Casp3 k16_f k16_r  
     (Table continues
Reactant AaReactant BReactant CForward Reaction RateReverse Reaction RateComment
FasL Fas FasC k1_f k1_r  
FasC FADD FasC:FADD k2_f k2_r Assume noncooperative binding between FADD and Fas, which means that regardless of other molecules in the complex, the FADD-Fas interaction always has the same rate constant. 
FasC:FADD FADD FasC:FADD_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2 FADD FasC:FADD_3 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FADD FasC:FADD_3:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP FADD FasC:FADD_3:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8_2 FADD FasC:FADD_3:Casp8_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:Casp8:FLIP FADD FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_2:FLIP_2 FADD FasC:FADD_3:FLIP_2 k2_f k2_r  
FasC:FADD:Casp8 FADD FasC:FADD_2:Casp8 k2_f k2_r  
FasC:FADD:FLIP FADD FasC:FADD_2:FLIP k2_f k2_r  
FasC:FADD_3 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8 k3_f k3_r Assume caspase-8 and FLIP have the same binding rate constants for FADD, because their death effector domains (FADD binding domain) have high homology (38). 
FasC:FADD_3 FLIP FasC:FADD_3:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP k3_f k3_r Similar to binding between FADD and Fas, assume noncooperative binding between FADD and caspase-8 and between FADD and FLIP. 
FasC:FADD_3:FLIP FLIP FasC:FADD_3:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8_2 FLIP FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP Casp8 FasC:FADD_3:Casp8_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:Casp8:FLIP FLIP FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD3:FLIP_2 Casp8 FasC:FADD_3:Casp8:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_3:FLIP_2 FLIP FasC:FADD_3:FLIP_3 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 FLIP FasC:FADD_2:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 Casp8 FasC:FADD_2:Casp8_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:Casp8 FLIP FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP Casp8 FasC:FADD_2:Casp8:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2:FLIP FLIP FasC:FADD_2:FLIP_2 k3_f k3_r  
FasC:FADD Casp8 FasC:FADD:Casp8 k3_f k3_r 
FasC:FADD FLIP FasC:FADD:FLIP k3_f k3_r  
FasC:FADD_2 Casp8_2_p41 FasC:FADD-2:Casp8_2  k4  
FasC:FADD_3:Casp8 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_3  k4  
FasC:FADD_3:FLIP Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2:FLIP  k4  
FasC:FADD_3 Casp8_2_p41 FasC:FADD-3:Casp8_2  k4  
Casp8_2_p41  Casp8_2* k5  Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kfA{\ast}\]
 
Casp8_2* Casp3 Casp8_2*:Casp3 k6_f k6_r  
Casp8_2* Casp3* Casp8_2*:Casp3  k7 Assume the catalytic reaction rate of caspase_8 is the same regardless of the substrate. 
Casp8_2* tBid Cas8_2*:Bid  k7  
Casp8_2* Bid Cas8_2*:Bid k8_f k8_r  
tBid Bax tBid:Bax k9_f k9_r Assume the first Bax and the second Bax binding to tBid have the same rate constants. 
tBid:Bax Bax tBid:Bax_2 k9_f k9_r  
Smac tBid:Bax_2 Smac* k10  Assume Smac and Cyto.c have the same release rate and nongeneral reaction. 
Cyto.c tBid:Bax_2 Cyto.ck10  
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Smac* XIAP Smac*:XIAP k11_f k11_r Nongeneral reaction:
\[A\ {\rightarrow}kf{\cdot}BA{\ast}\]
 
Cyto.cApaf Cyto.c*:Apaf:ATP k12_f k12_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 k13_f k13_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9 Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2 k14_f k14_r  
Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9 Casp9* Cyto.c*:Apaf:ATP:Casp9_2  k15  
Casp9* Casp3 Casp9*:Casp3 k16_f k16_r  
     (Table continues
Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal